Эльба готовит платёжки по пени и штрафам автоматически, если в раздел Письма пришло требование на их уплату. Вы увидите в открытом требовании кнопку «Оплатить или скачать платёжки».

Налоговая самостоятельно списывает деньги в уплату пеней и штрафа с ЕНС налогоплательщика, поэтому достаточно пополнить ЕНС на эту сумму.

Платежку на пополнение ЕНС можно сформировать самостоятельно в Эльбе в разделе «Платежки» → «Пополнение ЕНС». 

Останется указать только сумму и дату платежа. Назначение платежа Эльба заполнит автоматически. Вот и всё, платёжка готова! Нажмите «Оплатить», чтобы перейти к оплате, или «Сохранить», чтобы вернуться к оплате позднее.