На патенте не подают отчёты, только платят налог и ведут книгу учёта доходов (КУД).

В Эльбе нельзя подготовить платёжку на оплату патента, потому что в разных регионах разные КБК.

Как подготовить платёжку на оплату патента на сайте налоговой

А вот КУД вести можно. Просто показывайте доходы в разделе Деньги. Те, что относятся к деятельности на патенте, — учитывайте в налогах. Они и попадут в КУД.

А вот какие-нибудь переводы между счетами или пополнение счёта наличными в налогах учитывать не нужно.

Выгрузите КУД в разделе Отчётность → Актуальные задачи справа.