Приготовьтесь вести раздельный учёт в разделе Деньги. В каждом поступлении и списании будет выбор: учитывать в УСН или патенте.
Выбрать, где учитывать, можно и массово.
Если у вас для каждого налогового режима свой счёт — будет легче. Покажите в разделе Реквизиты → Банковские счета, к чему относится каждый счёт, и в разделе Деньги операции будут распределяться автоматически.
Если одно поступление — это доход и по УСН, и по патенту, то:
- в поступлении «по банку»/«наличных» учтите нужную сумму в УСН
- создайте поступление «прочее» и учтите оставшийся доход в патенте
КУД и КУДиР
Эльба будет формировать КУД для патента и КУДиР для УСН по операциям из раздела Деньги. Выгрузить их можно в разделе Отчётность → Актуальные задачи справа.